补充协议与借款合同的关联性不可否认
在本案中，乙公司与甲公司借款合同的实质，是对丁公司成立后购买其实物资产前的置换方式，并不是真实的借款。
理由是：第一，甲公司向乙公司提供借款750万元，是甲公司对乙公司753万元实物资产不作为投资股份，而由丁公司购买的让步，是对丁公司成立之前丁公司实质上占有、使用该实物资产的置换方式。第二，该借款合同约定的借款利息由丁公司承担，正因为如此，按照一般的交易常识，可以推断上述分析结论是成立的。第三，从借款合同约定的内容观察，借款合同和补充协议的内容是一致的，二者是前后相继、相互关联的两个法律行为，而不是各个孤立的。因此，2003年7月21日的借款合同是2003年7月18日补充协议的合同表现形式，二者具有极为密切的关联，没有前一个补充协议，就没有后一个借款合同。
甲公司利用其控股的地位操纵丁公司恶意违约
丁公司所要接收的乙公司实物资产，事前已经进行了资产评估，《补充协议》对此也有明确约定。新公司成立之后也实际接收了该资产，并在一直使用中。但是，在2003年11月21日召开的新公司第一次临时股东会却作出决议，要对该实物资产进行重新评估，并且须经省级环保评估，而完全不顾已经接收乙公司实物资产的事实，以此作为推翻补充协议约定义务的基础事实。
同时，在股东会议中提出的实物资产应当通过自治区环保验收合格的要求，是不能做到的，因为县级企业只能由县级环保机构验收，省级环保机构不受理县级企业的环保验收请求。因此，尽管丁公司股东会作出了决议，但是其规定的事项没有实现或无法实现，因而该决议并没有从根本上改变补充协议关于丁公司购买乙公司实物资产的约定。
上述事实说明，甲公司利用对丁公司的控股地位，恶意违反补充协议约定的义务，侵害乙公司的合法权益。同时由于以上理由，本案争议的借款合同所约定的还款条件没有成就，不能够强制乙公司履行清偿义务。
2003年7月，甲公司、乙公司和丙公司三方共同投资设立丁公司，并形成投资合同。甲公司投资612万元，为了保证自己的控股地位，协商将乙公司拟投资的共计1269万元中的516 万元作为投资，其余753万元资产由丁公司购买。故三方于7月18日签订补充协议，约定：由于丁公司尚未成立，因此先由甲公司借款750万元给乙公司，待丁公司成立后，丁公司对乙公司支付价款753万元，乙公司在收到该价款的三天内归还750万元借款给甲公司。2003年7月21日，甲公司与乙公司签订借款合同，约定了上述事宜。
8月27日丁公司取得法人资格，也接收到了乙公司的资产。11月21日，丁公司召开股东会，决议对乙公司的实物资产进行重新评估，并且要求乙公司实物资产要达到省级环保验收合格，否则不予接收。2004年3月8日，股东会在乙公司法定代表人缺席的情况下，作出不购买乙公司实物资产的决议，随后，甲公司向乙公司请求清偿750万元债务。
